Při pátrání po jiných,šetrnějších,léčebných prostředcích, než bylo v jeho době zvykem používat,nakonec došel k systému léčby,který nazval „homeopatií“/homeo-podobný,pathos-utrpení,nemoc/.Inspiroval se lidovým léčitelstvím a díky studiu starých herbářů se naučil používat celou řadu léčivých rostlin. Další inspirací mu byly i nauky dávných filozofů.Už ve starověkém Řecku se myšlenkou podobné se léčí podobným“- „similia similibus curantur“,totiž zabýval Hippokrates/cca 460-377př.n.l/.Hanemann se seznámil i s dílem římského lékaře,anatoma a fyziologa Claudia Galena/cca 130-200 n.l./,jehož teorie tělesných šťáv,které je třeba udržovat v organismu v rovnováze, velice ovlivnila celý vývoj lékařství.A jistě se nechal ovlivnit i učením vědce Paracelsa/1493-1541/,který kladl důraz na podrobné pozorování přírody a praktické experimenty s přírodními látkami.Věřil také v přirozenou schopnost těla samo se hojit. Paracelsus je rovněž považován za průkopníka v oboru chemie a farmacie,právě díky svým pokusům.Jeho prohlášení „záleží jenom na dávce,zda jed bude jedem“ je zásadní pro celou homeopatii.Své zkušenosti s jinými léčebnými postupy Hahnemann několikrát publikoval.Za „zakládající“dílo homeopatie je považován jeho „Organon racionální léčby“,ve kterém podrobně vyložil principy nového systému – Homeopatie.Organon byl poprvé vydán v roce 1810.
Během 19. století došlo k velkému rozkvětu homeopatické metody.Homeopatie se z Německa rozšířila po Evropě i Asii a dostala se i do Ameriky. Po Hanemannově úmrtí Amerika na řadu let převzala vedoucí úlohu v rozvoji Homeopatie,hlavní zásluhu na tom měli Dr. Constantine Hering/1800-1880/ a Dr.James Tyler Kent/1849-1916/.V Evropě se v této době vedoucímu postavení těšila Velká Británie – v Londýně byla r.1849 založena první homeopatická nemocnice.Jejím zakladatelem byl Dr.Fredecick Quin/1799-1878/,který se „dal na Homeopatii“,když ho s její pomocí Hahnemann vyléčil z cholery.Ke konci 19.století došlo k určitému rozdělení směrů,kdy jedna „větev“ homeopatů dávala přednost tzv. konstitučnímu předepsání u kterého je důležitá celková totalita projevených příznaků a používají se vyšší potence léků a druhá „větev“,která předepisovala pouze podle chorobných příznaků a používala spíše nižší potence homeopatik.V průběhu let se objevily i směry,které předepisují několik léků současně místo Hanemannem doporučeného „jeden lék v jednom čase“.Zřejmě i tato nejednotnost spolu s objevením antibiotik a zdokonalováním diagnostických zobrazovacích a laboratorních metod vedla k oslabení postavení Homeopatie v této době.